O curso de graduação em Agronomia é dirigido por um órgão colegiado composto por professores do curso, além de representantes discentes eleitos pelos estudantes . O Colegiado é presidido por um Coordenador que dirige suas atividades no dia-a-dia.
As atribuições do Colegiado incluem, entre outras: orientar e coordenar as atividades do curso; elaborar o currículo do curso; decidir sobre as questões referentes à matrícula, reopção, dispensa e inclusão de atividades acadêmicas curriculares, transferência, continuidade de estudos, obtenção de novo título e outras formas de ingresso.